A nyulak emésztőrendszere teljesen eltér az emberétől. Ugyanis a nyulak emésztőrendszere a saját táplálkozási szokásnak felel meg és a táplálékot így tudják legjobban felhasznosítani. Mivel a növények tápértéke viszonylag alacsony , a nyulkanak sokat kell enniük, hogy igényeiket kiegészítsék. A nyulka azonban csak úgy, mint más növényevők, például a birkák és a szarvasmarhák nem rendelkeznek a növényi sejtfalban található nagy mennyiségű allulóz lebontására alkalmas enzimekkel, amely pedig az emésztés első lépése. Náluk a vakbélben található baktériumok és egysejtűek végzik a cellulóz emésztést, s a nyulak emésztése ennek következtében nagyon különlegesen alakult. Az elfogyasztott táplálék áthalad a gyomron és a vékonybélen majd a vakbélbe kerül. Ez kesztyűujjszerűen csatlakozik a vastag- és vékonybél határához. A vakbélben a táplálék főként a növényi sejtfalak- a mikrobális tevékenység eredményeképpen kissebb részekre töredezik, mielőtt a vastagbélbe kerülne és puha , barna ürülék formájában kikerülnek a nyúl szervezetéből. Ezt általában éjszaka ürített bogyót az állat szinte azonnal újra elfogyasztja. Amikor ez a táplálék másodszorra végighala d az emésztőrendszeren, a tápanyagok teljes mértékben felszívódnak, a vastagbélbe kerülő salakanyagból pedig a víz visszaszívódik a szervezetbe. Ezután kerül ki a jellegzetes száraz bogyó a nyúl testéből, ezúttal véglegesen. A nyulak tehát már előemésztett táplálékot újra elfogyasztják, hogy a lehető legtöbb tápanyagot kinyerjék belőle. Az emésztőrendszer mikrobáinak azonban más fontos szerepük is van: ezek állítják elő páldául a b12-és más kulcsfontosságú vitaminokat is a szervezet számára. A nyúl emésztése finoman kiegyensújozott és a mikrobák minden hirtelen étrendi változásra rendkívül érzékeny.